Il Milano Beach Soccer nasce nel 2002 con l'intento di partecipare ai primi campionati nazionali di beach soccer, grazie alla volontà di ex giocatori della Nazionale Italiana che per primi hanno contribuito alla crescita di questo sport nel nostro Paese; nel 2004 diventa una vera e propria Associazione Sportiva, requisito indispensabile per partecipare al primo Campionato ufficiale di Serie A riconosciuto e patrocinato dalla F.I.G.C./L.N.D. dipartimento Beach Soccer.

Nei primi due anni sotto l’egida della L.N.D., Milano fallisce il traguardo dei Playoff, dovendosi accontentare di qualche vittoria nel gruppo di qualificazione fra cui spicca quella di Cervia contro i Cavalieri del Mare Viareggio, la formazione che nel 2004 e nel 2005 si aggiudica i primi Scudetti della storia.
Terminata la stagione 2005 Milano decide di porre fine alla semplice squadra formata da un gruppo di amici e si struttura all’interno per poter competere con le migliori formazioni italiane: Fabio Panizza sveste i panni di giocatore e accetta il ruolo di allenatore a tempo pieno, mentre a Enrico Ramperti è affidato il compito di direttore sportivo. Per la prima volta la squadra milanese decide di iniziare già in inverno gli allenamenti nel campo coperto del Quanta Village per abituare con largo anticipo i giocatori alla superficie sabbiosa. Arrivano anche i primi acquisti per rinforzare la squadra, dal Lignano Sabbiadoro viene ingaggiato il capitano Casarsa, difensore della Nazionale, e prima dell’inizio dell’attività ufficiale arrivano anche i primi stranieri: lo svizzero Meier e soprattutto gli spagnoli Nico e Amarelle, giocatori che si riveleranno indispensabili per il salto di qualità.
Nella stagione 2006, a dispetto degli iniziali obiettivi che ambiscono al miglioramento delle precedenti annate e al raggiungimento dei Playoff, il Milano Beach Soccer si ritrova a recitare il ruolo di protagonista assoluto: dopo aver ottenuto il visto per la fase finale della Coppa Italia a Vasto, la formazione di Panizza raggiunge a sorpresa la finalissima contro i campioni in carica del Catania B.S., e un gol di Amarelle nel tempo supplementare regala a Milano il primo trofeo della sua storia. Capitan Ahmed alza al cielo la Coppa, un gesto che ripeterà un mese più tardi quando nelle finali della Serie A a Catanzaro Lido (CZ) Milano batte in finale il Friulpesca Udine e si laurea Campione d'Italia, centrando così una storica doppietta mai riuscita in precedenza ad alcuna compagine. Amarelle è il capocannoniere della manifestazione a pari merito con il nazionale azzurro Carotenuto.
Non paghi del trionfo del 2006, nel 2007 i dirigenti milanesi volano in Brasile per assicurarsi le prestazioni dell’asso carioca Benjamin, uno dei migliori giocatori al mondo: con lui arrivano anche il nazionale francese Samoun e il portiere azzurro Rasulo. La fame di vittorie non si placa, e per il secondo anno consecutivo Milano centra la doppietta: a Termoli si aggiudica la Coppa Italia con Amarelle capocannoniere e Benjamin miglior giocatore, mentre a Terracina arriva il secondo Scudetto al termine di una delicata sfida contro la Coil Lignano che si risolve soltanto ai rigori quando Pagani neutralizza il tiro del friulano Sguazzin. L’unica delusione arriva dalla Supercoppa italiana, Catania B.S. si prende la rivincita della Coppa Italia 2006 e vince con un gol di scarto: nonostante questo passo falso si chiude un’altra trionfale annata per il Milano Beach Soccer.

Nel 2008 Milano cambia look: ispirandosi al Flamengo, storica formazione calcistica brasiliana, i colori sociali diventano ufficialmente il rosso e il nero. La stagione sportiva non ricalca però il recente passato: Panizza deve rinunciare a Benjamin per problemi burocratici, al suo posto arriva il portoghese Madjer e con lui altri due spagnoli, il portiere Roberto e il difensore Juanma, mentre lasciano la Lombardia per Cervia Fumagalli, Pagani e Papale. Milano raggiunge la terza finale consecutiva di Coppa Italia ma deve arrendersi alla Coil Lignano. Va male anche la seconda partecipazione alla Supercoppa, con i Cavalieri del Mare Viareggio ad aggiudicarsi il trofeo, mentre i sogni del terzo Scudetto si infrangono ai quarti di finale dei Playoff contro Terracina.

La delusione del 2008 è forte, ma i dirigenti rossoneri non si perdono d’animo e nel 2009 decidono di optare per una mini rivoluzione tecnica: via Madjer, Samoun, Roberto e Juanma, si registra il fondamentale ritorno di Benjamin che sbarca in Italia insieme al connazionale Bruno Malias, attaccante campione del Mondo. Torna anche Fumagalli e a Rasulo viene affiancato Zanini, portiere più volte nazionale azzurro. Milano si riprende la Coppa Italia sconfiggendo Viareggio ai rigori in quel di Terracina, vince tutte le partite della fase di qualificazione stabilendo un record e raggiunge la terza finalissima Scudetto a Ostia: proprio all’ultima partita, la più importante, arriva però la prima ed unica sconfitta stagionale, il Napoli B.S. di Maradona jr. vince a sorpresa 6-5 e lascia a Milano lo scomodo titolo di Vice-campione d’Italia.

Nella stagione 2010 vengono confermati tutti i giocatori, italiani e stranieri, e a loro vanno ad aggiungersi in rosa Cataldo (un ritorno il suo) e Bruno Cabrerizo, il giovanissimo spagnolo Kuman e soprattutto l'asso portoghese Alan Cavalcanti, a Viareggio negli scorsi tre campionati: tutto questo per offrire più soluzioni al mister Fabio Panizza, cui dal mese di maggio viene affiancato il secondo Mauro Zardi. La prima tappa si svolge al Circo Massimo di Roma ed è già un trionfo: Milano conquista la sua quinta finale consecutiva di Coppa Italia e contro Bibione vince 5-3 portando a casa il trofeo per la quarta volta in assoluto, diventando di diritto il club più titolato d'Italia. E adesso sotto con la Serie A...